医院污水处理所用工艺必须确保处理出水达标，主要采用的三种工艺有：加强处理效果的一级处理、二级处理和三级排放消毒处理。
工艺选择原则为：
A、传染病医院必须采用二级处理，并需进行预消毒处理。
B、处理出水排入自然水体的县及县以上医院必须采用二级处理。
C、处理出水排入城市下水道(下游设有二级污水处理厂)的综合医院推荐采用二级处理，对采用一级处理
艺的必须加强处理效果。
D、对于经济不发达地区的小型综合医院，条件不具备时可采用简易二氧化氯消毒处理作为过渡处理措施，之后逐步实现二级处理或加强处理效果的一级处理。
一、一级强化处理
1、对于综合医院(不带传染病房)污水处理可采用“预处理→一级强化处理→消毒”的工艺。通过混凝沉淀(过滤)去除携带病毒、病菌的颗粒物，提高消毒效果并降低消毒剂的用量，从而避免消毒剂用量过大对环境产生的不良影响。
2、医院污水的一级强化处理一般采用混凝沉淀、过滤、气浮等工艺。过滤的固液分离方式需要反冲，操作管理较为复杂，而气浮工艺中气体释放易导致二次污染。所以医院污水中一般采用混凝沉淀工艺。 医院污水经化粪池进入调节池，调节池前部设置自动格栅，调节池内设提升水泵。污水经提升后进入混凝沉淀池进行混凝沉淀，沉淀池出水进入接触池进行消毒，接触池出水达标排放。
3、调节池、混凝沉淀池、接触池的污泥及栅渣等污水处理站内产生的垃圾集中消毒外运。消毒可采用巴氏蒸汽消毒或投加石灰等方式。
4、加强处理效果的一级强化处理适用于处理出水Zui终进入二级处理城市污水处理厂的综合医院。
二、二级处理工艺
1.二级处理工艺流程为“调节池→生物氧化→接触消毒”。医院污水通过化粪池进入调节池。调节池前部设置自动格栅。调节池内设提升水泵，污水经提升后进入好氧池进行生物处理，好氧池出水进入接触池消毒，出水达标排放。
2.调节池、生化处理池、接触池的污泥及栅渣等污水处理站内产生的垃圾集中消毒外运焚烧。消毒可采用巴氏蒸汽消毒或投加石灰等方式。
3.传染病医院的污水和粪便宜分别收集。生活污水直接进入预消毒池进行消毒处理后进入调节池，病人的粪便应先独立消毒后，通过下水道进入化粪池或单独处理（如虚线所示）。各构筑物须在密闭的环境中运行，通过统一的通风系统进行换气，废气通过消毒后排放，消毒可采用紫外线消毒系统。
4.好氧生化处理单元去除CODcr、BOD5等有机污染物，好氧生化处理可选择接触氧化、活性污泥和高效好氧处理工艺，如膜生物反应器、曝气生物滤池等工艺。采用具有过滤功能的高效好氧处理工艺，可以降低悬浮物浓度，有利于后续消毒。
5.适用于传染病医院(包括带传染病房的综合医院)和排入自然水体的综合医院污水处理。
三、三级消毒处理工艺
1.消毒处理工艺采用二氧化氯消毒，由二氧化氯发生器产生二氧化氯消毒液加入至预处理水池或管道进行杀菌消毒，然后排放市政管道即可
2.使用原料：盐酸+氯酸钠、亚氯酸钠+盐酸
3.适用范围：各大、中、小型医院、门诊污水处理
4.设备特点：
A、设备结构简单，占地面积小，安装、操作、维护方便。
B、安全性能强，设备不可能出现事故。
C、设备密闭性好，没有刺激气味泄漏，操作环境没有气味。
D、设备档次高：能实现流量检测自动控制加药和余氯检测自动控制加药以及可实现远传计算机控制，可以满足于不同加药现场使用，如给清水池、高位水塔、带压管网加药。
E、设备的运行成本低，节约成本！
5.控制方式：全自动控制、微电脑控制、PLC控制
