国内外在有机肥生产和应用方式上有较大不同。国外通常的做法是利用专用撒肥车将堆肥直接撒施到种植地块，原因是农场自身附属有堆肥场所和大面积的种植地，可以实现种养物料的小范围的自我循环。我国国情则不一样，绝大部分的堆肥加工厂是独立运营的，没有自身的种植地块，有的还独立于奶牛场，往往产品销售半径几十到几百千米不等，有的更远，这就要求有机肥产品具有耐储存、易运输的特点，达到市场商品流通储运的要求。
由于堆肥产品总体养分偏低，只能作一部分底肥使用，与现有的农艺种植习惯和作物需肥特性存在差异。有在有机肥加入一部分磷钾化肥制成有机无机复混肥。有机无机复混肥具有双重特性，即具有有机肥肥效长、改良土壤、活化土壤中有机养分的特点，又具有无机肥养分高、肥效快的特点，优势互补，弥补了各自缺陷，达到肥料与长效合一。
有机肥产品可以支撑颗粒状，也可以制成粉状，这取决于市场需求，为了均衡养分，适合运输和储存，建议将有机肥加工成颗粒状产品，颗粒形状有圆柱状，圆球状。成品颗粒含水率要求为：有机肥≤20%；有机无机复混肥≤10%。
有机肥加工工艺主要包括粉碎、配料、混合、制粒、烘干、冷却、筛分和打包等环节。单条生产线设备生产能力以1～10t/h为宜，过小则达不到经济规模，过大则增加原料和成品运储难度。通常情形下，可采用的工艺流程如图所示：有机肥生产线
